L’évolution rapide du coronavirus en une soupe alphabétique de sous-variantes présente un défi épineux pour les responsables de la santé : ils doivent prendre des décisions politiques de grande envergure basées sur peu de certitude biologique sur les variantes virales qui seront dominantes cet automne ou cet hiver.
La Food and Drug Administration a déclaré fin juin qu’elle mettrait à jour les vaccins contre les coronavirus pour une campagne de rappel à l’automne ciblant les sous-variantes hautement contagieuses d’Omicron. Mais le sol bouge sous ses pieds.
En seulement huit semaines, la sous-variante BA.5 est passée d’une anomalie dans le nombre de cas aux États-Unis à la sous-variante dominante dans le pays, représentant désormais plus des trois quarts des nouveaux cas. Peut-être la sous-variante la plus transmissible à ce jour, elle fait augmenter les tests positifs, les hospitalisations et les admissions en soins intensifs à travers le pays,
Il n’y a aucune preuve que BA.5 provoque une maladie plus grave, mais les dernières mesures brisent certainement le mythe selon lequel le virus deviendra plus doux à mesure qu’il évolue.
« Aucun d’entre nous n’a de boule de cristal, et nous essayons d’utiliser jusqu’à la dernière once de ce que nous pouvons de la modélisation prédictive et des données dont nous disposons pour essayer de devancer un virus qui a été très rusé », a déclaré le Dr. Peter Marks, l’un des principaux régulateurs de vaccins à la FDA, après qu’un comité consultatif a recommandé que l’agence donne la priorité aux vaccins spécifiques aux sous-variantes d’Omicron. « Pour quelque chose qui ne mesure que quelques nanomètres, c’est sacrément astucieux. Nous essayons de faire de notre mieux ici.
Omicron et ses ramifications dominent depuis environ six mois maintenant, et quelle que soit l’incarnation suivante du virus, il est plus probable qu’elle soit liée à la famille Omicron qu’aux versions précédentes, a déclaré Jerry Weir, un régulateur principal de la FDA.
Cette hypothèse est le meilleur calcul qui puisse être fait pour le moment, selon des experts extérieurs qui ne font pas partie du groupe d’experts de la FDA.
« Les virus comme le SRAS-CoV-2 évoluent constamment, et il est presque certain que de nouveaux mutants émergeront dans un délai de six mois », a déclaré Jesse Bloom du Fred Hutchinson Cancer Center à Seattle. « Mais tant que ces mutants sont des descendants ou des parents proches de BA.2 ou BA.4/BA.5, alors un rappel de vaccin basé sur BA.4/BA.5, comme l’a recommandé la FDA, devrait être un bien meilleur leur correspondent que le vaccin actuel, même si ce n’est pas un match parfait.
Les Centers for Disease Control and Prevention ont autorisé mardi un quatrième vaccin, de Novavax, pour une utilisation aux États-Unis, mais ses essais ont été menés avant l’émergence d’Omicron et son efficacité contre la variante pourrait être limitée.
L’arbre généalogique d’Omicron s’est développé plus rapidement depuis qu’Omicron BA.1 a été détecté pour la première fois fin novembre 2021. Nouvelles estimations fédérales mardi a montré que BA.5 représentait environ 78% des nouveaux cas aux États-Unis, la semaine dernière.
Emma Hodcroft, épidémiologiste moléculaire et chercheuse à l’Université de Berne en Suisse, a déclaré que le modèle d’évolution d’Omicron a divergé des variantes précédentes. « Les enfants de Delta n’étaient pas dominants, mais les enfants d’Omicron repoussent leurs frères et sœurs, si vous voulez », a-t-elle déclaré. « Cela laisse entendre qu’Omicron est au sommet et qu’il y aura de plus petits changements. »
Bien que d’autres enfants d’Omicron pourraient être en route, elle et d’autres scientifiques ont souligné que cela n’empêcherait pas l’apparition d’une autre variante.
« Trop de fois, nous avons fait des prédictions sur la façon dont nous pensons que le SRAS-CoV-2 évoluera et nous nous sommes ensuite catégoriquement trompés », a déclaré Nathan Grubaugh, épidémiologiste à la Yale School of Public Health. L’automne dernier, il a correctement prédit qu’une sous-variante immuno-évasive émergerait, mais son attente qu’elle proviendrait de la variante Delta était fausse.
« De toute évidence, nous voyons de nouvelles variantes émerger d’Omicron en ce moment – BA.2, BA.4 et BA.5 – et cela pourrait continuer à se produire », a-t-il déclaré. « Mais nous ne devons pas manquer d’imagination et penser que cela va continuer. »
L’année dernière, Sarah Cobey, biologiste de l’évolution à l’Université de Chicago, était presque certaine que la prochaine variante descendrait de Delta. « Je pense néanmoins qu’il est extrêmement probable que la prochaine variante descende d’Omicron », a-t-elle déclaré la semaine dernière, ajoutant qu’elle pourrait avoir un degré plus élevé d’évasion immunitaire ou une transmissibilité accrue. « Il est probable que la prochaine variante soit déjà apparue mais échappera à la surveillance pendant un certain temps », a-t-elle déclaré.
Un cousin inquiétant d’Omicron, BA.2.75, est déjà vu dans certaines parties du monde.
Selon Kristian Andersen, virologue au Scripps Research Institute de La Jolla, en Californie, cela rend l’ajustement de la formule des rappels plus critique. Les avantages d’une telle décision ont beaucoup plus à voir avec l’élargissement de l’immunité qu’avec l’augmentation de la protection contre un très variante spécifique, dit-il. Les premières variantes n’ont pas évolué à partir de variantes précédentes mais plutôt à partir de lignées antérieures, a-t-il dit, contrairement à Omicron, rendant les prédictions plus difficiles.
La prévision, cependant, est le fonds de commerce de tout expert.
« Nous essayons de mieux deviner la prochaine variante de la grippe depuis des décennies », a déclaré le Dr Hodcroft. « Et il s’avère que c’est très compliqué. »
Les nombreuses variables signifient qu’elle et d’autres experts ne peuvent pas faire une déclaration en toute confiance. Elle a déclaré: « C’est très difficile de tout mettre dans une machine et de la croquer. »
